多数卵巢囊肿在超声下显示无回声，若检查为低回声，则需要考虑是否存在其他疾病，如卵巢上皮性肿瘤、卵巢生殖细胞肿瘤、卵巢性索间质肿瘤，或者卵巢恶性肿瘤等，但不能根据卵巢囊肿低回声的诊断，来判断卵巢囊肿的性质。
卵巢囊肿多数为无回声，如果超声检查时，可发现囊肿内呈均质的无回声，提示囊肿内存在大量的液体。如果卵巢囊肿中显示低回声，要考虑是否有其他组织成分存在，其中包括畸胎瘤、卵巢浆液性囊腺瘤、颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤等。如果同时存在异常的血流信号，还要考虑是否存在卵巢恶性肿瘤，即卵巢癌的可能性。但仅通过卵巢囊肿低回声这一诊断结果，并不能判断其性质。
因此当女性进行妇科超声检查时，一旦发现卵巢囊肿中存在低回声成分，需要进一步进行全面检查，包括卵巢肿瘤标志物，如CA12-5、CA19-9、CEA等，以诊断卵巢囊肿的性质，必要时进行盆腔核磁共振检查，帮助进一步明确卵巢囊肿的性质。